As barreiras no contexto de biotérios consistem na combinação de sistemas físicos e procedimentos operacionais que juntos minimizam a possibilidade de transmissão de enfermidades, tanto do homem para o animal, como dos animais para o homem.

A Bio-exclusão são ações voltadas para prevenção da entrada de enfermidades e infestações, provenientes do ambiente externo, para os animais alojados no biotério. Essas barreiras são estabelecidas para proteger o padrão sanitário dos animais.

Ex.: Adequação arquitetônica da instalação, uso de uniformes e EPIs, controle de pragas, restrição de acesso ao biotério, proibição da permanência de animais domésticos nas imediações dos biotérios, entre outros.

A Bio-contenção é estabelecida para prevenir o escape de agentes contaminantes para o exterior. As barreiras de bio-contenção são especialmente importantes nos biotérios de experimentação nos quais os animais são intencionalmente infectados com agentes patogênicos e/ou organismos geneticamente modificados (OGMs).

Ex: Adequação arquitetônica da instalação,uso de uniformes e EPIs, limpeza e desinfecção adequadas das salas e dos equipamentos, armazenamento e destino correto dos resíduos biológicos, entre outros.

Como forma de prevenir a quebra de barreiras e padronizar os procedimentos de manutenção dos animais e higienização das instalações, equipamentos e utensílios, os biotérios deverão elaborar e disponibilizar um conjunto de Procedimentos Operacionais Padronizados (POPs) com a descrição de todas as atividades desenvolvidas no local.