O Conselho Superior Universitário é a instância de discussão e de deliberação da política geral que norteia os rumos da UFAL. É composto por 61 membros titulares que representam toda a comunidade universitária, desde a Reitoria com suas Pró-reitorias, passando pelas direções de Unidades Acadêmicas, Campi Fora de Sede, até as representações dos segmentos docente, técnico-administrativo e estudantil. É dividido em duas Câmaras Temáticas: a Acadêmica, que trata dos assuntos referentes ao ensino, pesquisa e extensão, e a Administrativa, que trata da política de administração da instituição.