Acompanhando os desdobramentos dessas mudanças, a Ufal ingressa em um novo momento histórico, marcado pela democratização do poder em todos os níveis, de reitor a coordenadores de curso, e abertura de um diálogo mais intenso com a comunidade. Nessa fase, a escolha de Delza Leite Goés Gitaí (1987-1991), Fernando Gama (1991-1995, segunda gestão) e Rogério Moura Pinheiro (1995-1999/1999-2003) para o cargo de reitor se dá de forma direta, com a participação paritária de professores, técnico-administrativos e estudantes.

Como primeira mulher no comando da instituição, Delza Gitaí mantém algumas preocupações da fase anterior, mas demarca seu projeto acadêmico com a ênfase nas ações de extensão e no incentivo à criação de núcleos temáticos para discussão de temas e problemas da realidade regional e nacional. Valendo-se dos lemas “A universidade somos nós”, em contraste ao autoritarismo até então em voga no país, e “A universidade sai do casulo” em relação ao transbordamento das ações acadêmicas para fora dos muros da universidade, sua gestão tenta estabelecer novos mecanismos de escuta e diálogo com as camadas menos assistidas da população, utilizando a mediação de lideranças comunitárias.

Em diferentes áreas do saber, são realizados seminários, reuniões, encontros e consultorias técnicas e jurídicas, discutindo questões sobre a mulher e seus direitos de cidadã, o menor, a violência e a alfabetização, entre outros temas. O I Seminário Estadual sobre Alfabetização e Cidadania, por exemplo, contou com a participação do educador Paulo Freire que, anos depois, seria homenageado pela universidade com o título de Honoris Causa. Além dos núcleos, a Pró-Reitoria de Extensão intensifica o trabalho nas comunidades, desenvolvendo, ao lado dos departamentos acadêmicos, programas como Periferia, Cidadania, Vida e Saúde, convidando a população a debater suas reivindicações. As ações de Extensão passam agora a ter um lugar bem destacado, ao lado da pesquisa e do ensino.

No âmbito da pesquisa, há um crescimento acentuado da produção de trabalhos científicos, com a elevação de professores com mestrado e doutorado. Nota-se uma maior participação de estudantes na produção de pesquisas, a partir de convênios com Bolsas de Iniciação Científica. As estatísticas positivas ocorrem pela melhoria da infraestrutura física dos centros acadêmicos e, sobretudo, pela interação entre eles, o que vai criar um ambiente interdisciplinar de troca de informação.

Saindo da década de 1990 e ingressando no novo século, porém, a universidade sofre grandes impactos na gestão de seu orçamento, como desdobramento das instabilidades da política brasileira com a abertura do país ao capital externo, às privatizações e à desregulamentação do mercado. Imerso nesse contexto, o reitor Fernando Gama, no seu segundo mandato, vive um dos piores momentos na gestão orçamentária dos recursos da Ufal, de acordo com relatório publicado em 1992: “a universidade não pode parar e para isso precisa de mais de 8 bilhões de cruzeiros destinados aos pagamentos deste semestre”.

Apesar da crise, a instituição segue o curso de sua vida acadêmica. Servidores técnicos-administrativos e professores, depois de inúmeros embates, comemoram a liberação dos recursos da URP. No plano da extensão, é realizado, no Espaço Cultural, o Simpósio do V Centenário Americano, envolvendo, além da Ufal, as universidades de New York, Harvard e Wesleyan. Dois importantes avanços marcam esse período: a implantação dos cursos noturnos e a criação, em 1991, do Museu de História Natural.

No entanto, os obstáculos advindos da conjuntura política nacional vão persistir. Dessa forma, a atuação do reitor Rogério Moura Pinheiro tenta construir novos caminhos para o enfrentamento dos problemas, e uma das vias tomadas foi a reformulação da própria estrutura interna da instituição, dos pontos de vista acadêmico e administrativo. Uma das primeiras decisões tomada foi a elaboração de um planejamento capaz de ajustar o orçamento e as finanças. Com o enxugamento dos gastos, foi possível conduzir a política acadêmica, a partir de ações como a implantação de um programa intensivo de capacitação docente, a consolidação do ensino noturno nos cursos de graduação, o aproveitamento das vagas ociosas, que ampliou o número de matrículas e, principalmente, o aprofundamento de ações de pesquisa e expansão da pós-graduação.

Algumas mudanças ocorridas na educação brasileira também repercutiram na instituição. Nesse período, a universidade busca implantar a política de cotas para negros e estudantes da escola pública, proporcionando as camadas mais pobres da população o acesso ao ensino superior. Por outro lado, ocorre a ampliação da graduação na modalidade a distância, com o pioneirismo do curso de Pedagogia, que investiu na formação dos professores das redes municipais.

No segundo mandato do reitor Rogério Pinheiro, há uma revisão no Estatuto da Ufal, uma espécie de nova constituição à sua estrutura acadêmica. Essa reformulação, que extingue os departamentos e reinstitui as unidades acadêmicas, mas preservando os colegiados de curso, seria colocada em prática na gestão posterior. A partir daí a universidade se distancia anos-luz da ideia de cátedra presente na sua fase inicial de formação e abandona o modelo importado americano de departamento, abrindo a possibilidade para refletir uma nova configuração de seu perfil.